Förutom Jönköpings IK spelade också 35 andra lag från 5 olika länder i Boys 16. De var uppdelade i 9 olika grupper, varav Jönköpings IK började i Group 9 tillsammans med Sveiva Innebandyklubb 2, Lugi IBK and Lidköping, IBK. Jönköpings IK tog sig vidare till Playoff A efter att ha hamnat på 1:a plats i Group 9. Därefter tog de sig till 1/4 Final, men förlorade den mot Åstorp/Kvidinge IBS 2 med 0-5. I finalen slog Åstorp/Kvidinge IBS 2 Hovslätts IK och vann därmed hela Playoff A i Boys 16. Jönköpings IK deltog även i Boys 15 under Gothia Innebandy Cup 2013. Då tog de sig till 1/4 Final i Playoff A, men förlorade den mot Husqvarna IK med 1-5.